Diese Kirche wurde im Jahre 1781 unter Nutzung von Teilen der Vorgängerkirche errichtet. Die romanischen Mauerreste gehen auf eine Entstehung um das Jahr 1000 zurück. Die Fenster sind im geschweiften Bassgeigenformat gestaltet. Der Innenraum ist im Stil des Rokoko dargestellt, des Weiteren finden sich Schmuckelemente des Barock und des Spätbarock. Auf dem Hochaltar prangt eine Statue des Hl. Erzengels St. Michael, Patron der Kirche und der Pfarrei, das Bildnis "Maria Hilf" unter dem Baldachin ist nach Lukas Cranach gefertigt. Der linke Seitenaltar ist dem Herzen Jesu gewidmet, der rechte Seitenaltar zeigt den Hl. Leonhard als Mönch. Die Kirche ist mit bemerkenswerten Deckenfresken ausgestattet sowie mit kunstvoll bemalten Holzplastiken, genannt seien die Heiligen Sebastian, Florian, Nepomuk, Leonhard, die Hl. Familie und Maria als Christkönigin.
Die Wieskirche zum Gegeißelten Heiland:
Sie steht rechterhand, ist heute im Eigentum des Marktes und dient der Aufbahrung der Verstorbenen. Die Namensgebung "Wieskirche" geht auf die gleichbezeichnete Wallfahrtskirche im Allgäu zurück - so wurde nach der Fertigstellung des Kirchleins 1751 auch in Vilshofen eine Holzfigur des gegeißelten Heilands in die neue Kirche verbracht. Zwei wunderschöne Seitenfiguren schmücken das Gotteshaus, der heilige Florian und der heilige Wendelin. Die Kirche ist mit Darstellungen der Passion Christi ausgemalt.